Autochtoniczny japonski zapalenia mózgu i zóltej infekcji w Afryce

Japońskie wirusy zapalenia mózgu i wirus żółtej febry są flawiwirusami przenoszonymi przez komary, które krążą w rozbieżnych obszarach geograficznych z różnymi wektorami komarów. Japońskie zapalenie mózgu jest endemiczne dla większości Azji i zachodniego Pacyfiku, podczas gdy żółta gorączka występuje w tropikalnych obszarach Afryki i Ameryki Południowej. Oba wirusy prowadzą do szerokiego spektrum ciężkości choroby, które obejmują bezobjawowe zakażenie i łagodną chorobę z objawami grypopodobnymi. Jednak ciężka żółta febra może być śmiertelna w 20 do 60% przypadków, podczas gdy objawowe zapalenie japońskiego zapalenia mózgu może doprowadzić do ciężkiego zapalenia mózgu, z przypadkami śmiertelności nawet do 30%. Osoby, które przeżyły, często mają długoterminowe następstwa neuropsychologiczne W marcu 2016 roku, podczas epidemii żółtej febry w Angoli, 19-letni mężczyzna został przyjęty do szpitala Cunene Provincial Hospita l z 5-dniową historią gorączki, bólu głowy i żółtaczki. Pacjent, który przeżył, pracował w stolicy Luandy na początku choroby i nie wyjechał za granicę. Pobrano próbkę krwi, a test na żółtą febrę był pozytywny. Próbka została później przetworzona do sekwencjonowania RNA o wysokiej przepustowości. Ponieważ zastosowany protokół wykorzystywał losowo przygotowaną syntezę cDNA, zapewniał kompleksowy i ilościowy obraz całego RNA obecnego w próbce, umożliwiając w ten sposób scharakteryzowanie potencjalnych wirusów powodujących konflikty.3 Figura 1. Figura 1. Drzewa filogenetyczne reprezentatywnych pełnych długości sekwencji genomowych wirusa japońskiego zapalenia mózgu i żółtej gorączki. Wirusy są identyfikowane przez numer dostępu GenBank. Uwzględnione są również nazwy krajów, w których próbka została uzyskana, data wyodrębnienia i genotyp wirusa. Nowo zsekwencjonowane izolaty są pogrubione, kursywa. Wszystkie dł ugości odgałęzień poziomych są skalowane do liczby podstawień nukleotydowych na miejsce, a drzewa zostały ukorzenione w punkcie środkowym w celu zachowania przejrzystości. Wartości Bootstrap są pokazane dla węzłów kluczowych. Drzewa o maksymalnej wiarygodności zostały oszacowane przy użyciu IQ-TREE (wersja 1.4.2). Niespodziewanie, zestaw de novo odczytów próbek ujawnił genom wirusa japońskiego zapalenia mózgu (numer dostępu do GenBank, KX945367) oprócz oczekiwanego genomu wirusa żółtej febry (numer dostępu do GenBank, KX982182). Analiza filogenetyczna wykazała, że ten wariant japońskiego wirusa zapalenia mózgu należy do genotypu III, łącząc się ściśle z wariantami pobranymi w Azji (rysunek 1A i Dodatek dodatkowy, dostępny wraz z pełnym tekstem tej litery). Sekwencja wirusa żółtej febry była blisko spokrewniona zarówno z sekwencją z ogniska wirusa żółtej febry z 1971 r. W Angoli, jak i ostatnio opisaną sekwencją wirusa żółtej fe bry wykryta w próbce chińskiego podróżnika powracającego z Angola4 (ryc. 1B). Prawdopodobieństwo zanieczyszczenia próbki jest niewielkie, ponieważ ani Instytut Pasteura w Dakarze, Senegal, w którym dostarczono RNA pobrane z próbek w Angoli, ani laboratorium w Institut Pasteur w Paryżu, gdzie biblioteki zostały skonstruowane i zsekwencjonowane, miał jakikolwiek materiał zawierający wirus japońskiego zapalenia mózgu. Ponadto, żadna z 15 dodatkowych próbek RNA od pacjentów z żółtą febrą, leczonych w tym samym czasie, nie wykazała sekwencji odpowiadającej wirusowi japońskiego zapalenia mózgu. Pozostawione surowice z próbek Angoli wyekstrahowano później w Institut Pasteur w Dakarze i tylko próbka C17 była dodatnia dla RT-qPCR wirusa japońskiego zapalenia mózgu. Znaleźliśmy dowody na lokalnie nabyte zakażenie wirusem japońskiego zapalenia mózgu w Afryce, oprócz koinfekcji z wirusem żółtej febry, co podnosi kwestię ryzyka krążenia japoński ego wirusa zapalenia mózgu i infekcji człowieka w Afryce. Ponieważ zarówno wektory, jak i odpowiednie gospodarze (np. Świnie) dla japońskiego wirusa zapalenia mózgu są obecne w Angoli, potrzebne są dalsze badania tego wirusa w tej miejscowości, w tym nadzór serowonośny. Zwiększony poziom przemieszczania się ludności między Azją a Afryką może zapewnić patogenom możliwość rozszerzenia ich zasięgu geograficznego. Dane te podkreślają również potencjalną przydatność sekwencjonowania o wysokiej przepustowości, w szczególności podejścia nie ukierunkowanego, do nadzoru patogenów.5 Etienne Simon-Loriere, Ph.D. Institut Pasteur, Paryż, Francja etienne.simon- Ousmane Faye, Ph.D. Institut Pasteur de Dakar, Dakar, Senegal Matthieu Prot, B.Sc. Isabelle Casademont, mgr inż. Institut Pasteur, Paryż, Francja Gamou Fall, Ph.D. Maria D. Fernandez-Garcia, Ph.D. Moussa M. Diagne, mgr inż. Institut Pasteur de Dakar, Dakar, Senegal Jean-Marie Kipela, MP H Światowa Organizacja Zdrowia, Luanda, Angola Ibrahima S Fall, MD, Ph.D. Światowa Organizacja Zdrowia, Bamako, Mali Edward C. Holmes, Ph.D. Univ [więcej w: leczenie kanałowe, kardiolog kielce, nefrolog ]

[więcej w: mikroangiopatia, czy półpasiec jest zaraźliwy, pentohexal ]