Architektura klonalna wtórnej ostrej białaczki szpikowej AD 4

Częstość występowania zatrzymanych alleli w próbkach skóry wynosiła około 50%, zgodnie z oczekiwaniami dla heterozygotycznych SNP. Częstość występowania tych alleli w zespole mielodysplastycznym i drugorzędowych AML odbiegała od 50% i była proporcjonalna do odsetka komórek z delecją (tabela 5 w dodatkowym dodatku). Grupowanie danych dotyczących zmian liczby kopii w znacznym stopniu rekapitulowało klastry SNV dla tych podmiotów (ryc. 1C i ryc. 7 w dodatkowym dodatku). Jednak unikalne klony (tj. Unikalne populacje komórek określone przez zawarte w nich klastry mutacji) zostały zidentyfikowane przez oba podejścia, co sugeruje, że te typy danych zapewniają komplementarne widoki ewolucji klonalnej. Nasze metody nie wychwytują zmian w metylacji DNA, o których wiadomo, że są obecne w genomach zespołu mielodysplastycznego, 28 co sugeruje, że mogą istnieć dodatkowe warstwy złożoności klonalnej, których nie wykryliśmy. Ryc. 2. Ryc. 2. Postęp klonalny od zespołu mielodysplastycznego (MDS) do wtórnej ostrej białaczki szpikowej (sAML). Panel A pokazuje model podsumowujący ewolucję klonów od stadium MDS do etapu sAML w temacie UPN461282. Komórki w klonie zawierają mutacje w klastrach 1. Klon (żółty) charakteryzuje się 323 wariantami somatycznymi pojedynczych nukleotydów (SNV), które występowały w około 74% komórek szpiku kostnego. Komórki w klonie 2 (pomarańczowym) pochodziły z pojedynczej komórki w klonie (ponieważ wszystkie mutacje w klastrach są heterozygotyczne i obecne w prawie wszystkich komórkach sAML) i dlatego zawierają wszystkie mutacje klastra i 2. Ten klon stał się dominujący w próbie sAML, w której trzy kolejne subklony ewoluowały poprzez seryjne pozyskiwanie SNV. Ostatni klon, który się pojawi (zawierający 14% komórkowej szpiku kostnego w sAML) może zawierać klastry SNV do 5 lub tylko klastry 1, 2, 3 i 5, ale podejście analityczne nie może rozróżnić tych możliwości. Panel B pokazuje dynamiczne zmiany w rozmiarze klastrów mutacji od MDS do sAML u wszystkich siedmiu osobników. Każdy klaster zawiera co najmniej jedną mutację poziomu 1. Geny o powtarzających się mutacjach wykrywa się w klonach tworzących klony i subklony potomne. UPN oznacza unikalny numer pacjenta.
Wszystkie siedem próbek było oligoklonalnych na etapie wtórnego AML i było monoklonalnych tylko w dwóch przypadkach na etapie zespołu mielodysplastycznego (Figura 1D). W pierwszym temacie (UPN461282) zidentyfikowaliśmy pięć różnych klastrów mutacji, które wspólnie zdefiniowały klonowy rozwój genetyczny tego nowotworu (Figura 1A). W próbce mielodysplastycznej obecne były dwa klony. Pojedyncza komórka w klonie 2, która zawierała mutacje klastra i 2, przesunęła się do przodu i poprzez nabycie mutacji 3, 4 i 5 klastra wygenerowała trzy nowe klony, które były obecne tylko w próbce AML wtórnej. Łącznie dane sugerują, że ewolucja tego nowotworu przebiegała sekwencyjnie z komórek z mutacjami w klastrach do komórek zawierających mutacje od do 5 klastrów, z każdym nowym klonem przenoszącym wszystkie istniejące wcześniej patogenne i niepatogenne mutacje (Figura 2A). Pozostałe sześć guzów również było zgodne z liniowymi modelami ewolucji klonalnej (ryc. 5 w dodatkowym dodatku), chociaż analiza na poziomie pojedynczej komórki może ujawnić bardziej złożone wzorce w niektórych przypadkach.
Wtórne genomy AML zawierały 304 do 872 somatycznych SNV (tabela 2 w dodatkowym dodatku). Jest prawdopodobne, że większość tych mutacji nie ma związku z patogenezą choroby. Zgodnie z tym poglądem zaobserwowano, że liczba somatycznych SNV na poziom genomu była proporcjonalna do wielkości warstwy (zgodnie z oczekiwaniem przez przypadek), co sugeruje, że zdecydowana większość mutacji była mutacjami losowymi (ryc. 3A w dodatkowym dodatku) ). Zaobserwowaliśmy, że większość mutacji w każdej drugorzędowej próbce AML była obecna w sparowanej próbce mielodysplastycznego zespołu i istniał podzbiór wtórnych mutacji specyficznych dla AML. Zgodnie z oczekiwaniami odsetek mutacji swoistych dla AML był mniejszy u czterech pacjentów, u których wystąpiła szybka progresja do wtórnej AML (<6 miesięcy) niż u trzech pacjentów z wolniejszym postępem (> 20 miesięcy). Średnio 6,7% wszystkich mutacji było specyficznych dla wtórnej AML u pacjentów z szybkim postępem, w porównaniu z 37,8% wtórnych mutacji specyficznych wobec AML u pacjentów z powolnym postępowaniem (P <0,05) (Fig. 3B w Dodatku Dodatek). Spektrum mutacji przejściowych i transwersyjnych w klonie podstawiającym zespół mielodysplastyczny było podobne we wszystkich siedmiu osobnikach (ryc. 4 w dodatkowym dodatku). Najczęstszą substytucją było przejście C ? G ? T ? A, jak zaobserwowano w innych genomach raka.29,30 Dwóch pacjentów (którzy byli leczeni decytabiną przez 4 do 11 miesięcy po rozpoznaniu zespołu mielodysplastycznego i przed progresji do wtórnej AML) miał znaczny wzrost częstości wtórnych AML-specyficznych transwersji C ? G w ich s [przypisy: Psycholog, lekarz urolog, kardiolog dziecięcy ] [patrz też: flyboard allegro, zabiegi fizykalne, biomentin ]