Architektura klonalna wtórnej ostrej białaczki szpikowej AD 3

Chociaż doniesiono ostatnio, że inaktywacja STAG2 powoduje aneuploidię w liniach komórkowych glioblastoma i raka jelita grubego, 23 osoby z mutacjami STAG2 w naszym badaniu miały prawidłowe kariotypy. Mutacje Singletona (tj. Mutacje, które nie są nawracające) mogą być również ważne w patogenezie zespołów mielodysplastycznych. Ogólnie rzecz biorąc, nieodnawialne mutacje poziomu implikują zmutowane białka w z 11 biologicznych ścieżek24, które są istotne dla patogenezy raka, i prawie wszystkie te ścieżki dotyczyły wszystkich siedmiu próbek (Fig. 2 w Dodatkowym dodatku). Mutacje poziomu nie zostały istotnie wzbogacone w żadną pojedynczą ścieżkę (dane nie pokazane) .24
Klonalność zespołów mielodysplastycznych i wtórnej AML
Ryc. 1. Ryc. 1. Oligoklonalność genomów w zespole mielodysplastycznym (MDS) i wtórna ostra białaczka szpikowa (sAML) u jednego pacjenta. W Panelu A częstotliwości alleli wszystkich zwalidowanych mutacji w Podrodzie UPN461282 są pokazane na etapie MDS i po przejściu do sAML. Zmutowane częstotliwości alleli skorygowano o liczbę kopii chromosomowych. Nieuprawnione grupowanie poszczególnych mutacji zidentyfikowało pięć różnych klastrów mutacji. Panel B pokazuje podobną całkowitą klonalność szpiku kostnego (odsetek komórek zawierających mutacje tworzące) w MDS i sAML (P = 0,57), pomimo mieloblastów zliczających się w zakresie od 0 do 69%. W panelu C częstotliwość odczytów wspierających zatrzymany allel w regionach zmiany liczby kopii jest pokazana w MDS i sAML. Komórki zawierające dwa skupienia klonalnych zmian liczby kopii zwiększają liczbę między MDS i sAML (żółte i pomarańczowe punkty danych), podczas gdy subklon zawierający dystalną 5 (q) delecję jest tracony podczas postępu od MDS do sAML (niebieskie punkty danych). Klon założycielski zawiera del (17), del (20q) i warianty pojedynczego nukleotydu klastra (SNV) (żółte punkty danych w panelach A i C), podczas gdy subklon zawiera także del (5), monosomię 17 i skupienie 2 SNV (pomarańczowe punkty danych w panelach A i C). Linie przerywane wskazują oczekiwaną częstotliwość allelu A dla heterozygotycznych SNP, które nie występują w usuniętych segmentach. Panel D pokazuje, że MDS i sAML są oligoklonalne, ze średnią 2,4 klonów w MDS i 3,1 w sAML (P = 0,047). Skrót del (17) oznacza telomeryczne chromosomowe 17 delecji, del (20q) oznacza del (20) (q11.21q13.13), a del (5) oznacza śródmiąższowe delecje na krótkich i długich ramionach chromosomu 5.
Diagnostyka kliniczna zespołów mielodysplastycznych wymaga znalezienia mniej niż 20% mieloblastów (zdefiniowanych morfologicznie komórek złośliwych) w szpiku kostnym. Jednak dane z układu pojedynczych nukleotydów polimorfizmu (SNP) i badań sekwencjonowania pojedynczego genu sugerowały, że klonalna populacja komórek w zespołach mielodysplastycznych może być większa niż 20% .18,25,26 W tym badaniu wykorzystaliśmy wychwytywanie sekwencjonowanie danych w celu dokładnego pomiaru częstości występowania komórek klonalnych w próbkach mielodysplastycznego zespołu. Obliczyliśmy zmutowane częstotliwości alleli dla wszystkich zwalidowanych somatycznych SNV (skorygowanych pod kątem liczby kopii chromosomu) i przeprowadziliśmy nienadzorowaną analizę skupień w celu zdefiniowania klastrów mutacji.27 Każdy zespół mielodysplastyczny i genom wtórny AML zawierał klon tworzący komórki, zdefiniowany jako mutacja klaster (zawierający od 182 do 660 somatycznych SNV), który miał najwyższe zmutowane obciążenie allelu w zespole mielodysplastycznym i wtórnym-AML (grupa na figurze 1A i fig. 5 w dodatku uzupełniającym). Oceniliśmy maksymalną klonalność guza jako dwukrotną średnią zmutowaną częstość allelu klonu zakładającego (ponieważ wszystkie mutacje były obecne raz na diploidalny genom po korekcie liczby kopii). We wszystkich przypadkach większość niefrakcjonowanych komórek szpiku kostnego (do 92,7%) w próbkach z zespołem mielodysplastycznego była klonalna i nieodróżnialna od komórek w próbkach wtórnego AML, nawet przy liczbie mieloblastów mniejszej niż 5% (rysunek 1B). ). Chociaż wyniki te potwierdzają wcześniejsze obserwacje, że liczba mieloblastów może nie doceniać wielkości populacji klonalnej w zespołach mielodysplastycznych, 18, 25, 26 sugerują również, że gdy cały genom jest badany pod kątem mutacji, wydaje się, że klonalna hematopoeza, w której bierze udział większość szpiku kostnego być regułą nawet we wczesnych stadiach zespołów mielodysplastycznych.
Aby ocenić klonalność zmian liczby kopii, opracowaliśmy sondy wychwytu obejmujące heterozygotyczne SNP, które były obecne w próbkach skóry i zostały usunięte lub zatrzymane w próbkach szpiku kostnego na podstawie macierzy SNP i danych z sekwencjonowania całego genomu (Tabela 4 w Dodatek dodatkowy). Określiliśmy odsetek zliczeń odczytu zawierających allele obecne w próbkach skóry, które zostały zatrzymane w zespole mielodysplastycznym i próbkach AML wtórnych
[podobne: psychologia, trychologia, lekarz prywatnie ]
[przypisy: mikroangiopatia, czy półpasiec jest zaraźliwy, pentohexal ]