Architektura klonalna wtórnej ostrej białaczki szpikowej AD 2

Mutacje u jednego pacjenta (UPN266395) zostały wcześniej opisane17 Przeprowadzono oparte na matrycy profilowanie liczby kopii DNA i ekspresji genu, jak opisano wcześniej.18 Dane dotyczące sekwencji i mikromacierzy zostały zdeponowane w bazie danych genotypów i fenotypów (dbGaP) w National Center for Biotechnology Information (numer dostępu, phs000159.v3.p2). Wyniki
Sekwencjonowanie całego genomu i sprawdzanie poprawności wychwytu
Tabela 1. Tabela 1. Charakterystyka siedmiu pacjentów z zespołami mielodysplastycznymi (MDS) i progresją do wtórnej ostrej białaczki szpikowej (sAML). Przeprowadziliśmy sekwencjonowanie całego genomu na podstawie odczytów na parach spoczynkowych wygenerowanych z bibliotek DNA przygotowanych z próbek wtórnej AML i dopasowanych próbek skóry od siedmiu osobników z poprzednimi zespołami mielodysplastycznymi de novo (Tabela 1). Diploidalny zasięg genomu wynosił ponad 95% dla próbek wtórnych AML i 97% dla próbek skóry (Tabela w dodatkowym dodatku). Przypuszczalne mutacje somatyczne zostały nazwane i uszeregowane według priorytetów na nienakładających się na siebie poziomach. Aby potwierdzić mutacje somatyczne i zmierzyć zmutowane częstotliwości alleli, zaprojektowaliśmy niestandardowe macierze długich oligonukleotydów dla każdego osobnika i wykorzystaliśmy je do wychwycenia regionów genomu zawierających domniemane warianty pojedynczego nukleotydu (SNV lub mutacje punktowe) i insercje lub delecje (indele). Dla każdego osobnika analizowano trzy próbki (skóra normalna, szpik kostny uzyskany podczas poprzedzającego stadium zespołu mielodysplastycznego i szpik kostny uzyskany podczas stadium wtórnej AML). Przechwycone DNA zsekwencjonowano w celu zapewnienia średnio 640 odczytów w miejscach zwalidowanych mutacji (Tabela w Dodatku Uzupełniającym). W każdym genomie walidowaliśmy od 304 do 872 mutacji punktowych somatycznych i od 0 do 2 w tier (tj. Poziom składający się ze zmian w regionach kodujących aminokwasy adnotowanych eksonów, konsensusowych rejonów miejsca składania i genów RNA) (tabele 2 i 3 w Dodatku Uzupełniającym). Wzbogacenie mieloblastów za pomocą sortowania komórek nie miało większego wpływu na pomiar zmutowanego allelu (ryc. w dodatkowym dodatku).
Nawracające mutacje genów
Tabela 2. Tabela 2. Wykryto geny z mutacjami nawracającymi w De Novo AML w genomie MDS i sAML. Najpierw skupiliśmy się na mutacjach poziomu z przewidywanymi konsekwencjami translacyjnymi (tj. Delecjami całego genu, indelami, missense, nonsense, frameshift lub mutacjami w miejscu splicingu). W siedmiu próbkach stwierdzono obecność 17 do 32 zwalidowanych mutacji punktowych lub indeli (średnia 24) na genom wtórny AML w 168 genach (tabela 3 w dodatkowym dodatku). Większość tych genów nie miała nawracających mutacji, co sugeruje, że wiele mutacji zostało losowo nabytych, a nie przyczynowo związanych z patogenezą zespołów mielodysplastycznych. Dwa wykrywane mutacje genów wykryto w dwóch próbkach: mutacjach powodujących utratę funkcji w znanym supresorze guza szpikowego, RUNX1 i dwóch mutacjach somatycznych w UMODL1 (tabela 2). Ostatnio doniesiono, że UMODL1 został zmutowany u pacjentów ze szpiczakiem mnogim i pacjentów z rakiem jajnika. 19,20 mRNA przekaźnik UMODL1 (mRNA) ulegał ekspresji w prawidłowych komórkach progenitorowych CD34 + oraz w komórkach AML wtórnych od naszych siedmiu osobników i wystąpiły dwie mutacje. w regionach kodujących konserwatywne domeny UMODL1 (T533P w wiążącej wapń domenie podobnej do naskórkowego czynnika wzrostu i V882M w białku spermy morskiej, jeżowcu, enterokinazie i domenie agryny [SEA]) .21
Aby rozszerzyć te wyniki, porównaliśmy mutacje z konsekwencjami translacyjnymi w zespole mielodysplastycznym i drugorzędowych próbkach AML z mutacjami zidentyfikowanymi w próbkach AML 200 de novo (50 poddanych sekwencjonowaniu całego genomu i 150 sekwencjonowaniu całemu eksomowi). Zidentyfikowaliśmy 10 genów zmutowanych w jednej drugorzędowej próbce AML oraz w co najmniej 3 z 200 próbek AML (> 1%) (Tabela 2). Wiadomo, że siedem z tych genów ma nawracające mutacje w AML. Cztery geny z powtarzającymi się mutacjami (w tym UMODL1) nie były wcześniej zaangażowane w zespoły mielodysplastyczne lub AML. Specyficzny kodon w U2AF1 zawierał mutacje missense w wielu próbkach AML, co sugeruje, że mutacje te mogą powodować przyrost funkcji. Wspieranie tej hipotezy jest naszym ostatnim raportem17, że substytucja S34F w U2AF1 (dotknięta mutacją missense) wzmacnia alternatywne splicing mRNA in vitro. Znowu zmutowano także gen X-chromosomu STAG2. Oczekuje się, że wszystkie mutacje STAG2, które zaobserwowaliśmy w tym badaniu, powodują skrócenie białka (H738fs we wtórnej AML i wszystkie 4 mutacje nonsensowne lub przesunięcia ramki odczytu w AML). Ponadto STAG2 jest usuwany z AML i innych nowotworów.22,23 Wszystkie te wyniki sugerują, że utrata funkcji STAG2 prawdopodobnie przyczynia się do patogenezy zespołów mielodysplastycznych i AML.
[więcej w: leczenie kanałowe, psycholog sportu, stomatologia Kraków ]
[przypisy: progesteron cena, nifuroksazyd hasco, larimax ]